我國自94年以來雖已賦予電子病歷法源，至目前為止醫療院所之電子病歷發展程度並不高，遭遇之困境包含醫療院所實施電子病歷及病歷互通誘因不足；醫療院所資訊化及病歷電子化程度有待提升；醫療院所缺乏資訊人力、經費及成功典範可學習及尚無完善之院際電子病歷互通機制等。

      衛生署為加速國內電子病歷系統之發展，以提供國人持續完整之醫療照護，減少重複檢查及用藥，同時減少醫療資源浪費及健保負擔，規劃「加速推動醫療院所實施電子病歷計畫系統」（以下簡稱新增子計畫），並於本計畫中修正新增。
本新增子計畫之目標為加速推動醫療院所電子病歷發展及院際病歷互通，提升醫療照護品質及醫療資源運用效能。其主要工作項目包含：
1.設置全國電子病歷發展委員會，建立我國電子病歷發展規範及必要之基礎建設。
2.成立電子病歷專案辦公室，協助衛生署進行整體及細部計畫之規劃。
3.推動醫院評鑑及健保專業審查免用紙本病歷，強化醫療院所發展醫療作業資訊化及病歷電子化之誘因。
4.藉由部分補助及輔導方式，鼓勵各醫療院所配合衛生署訂定之電子病歷互通推動重點及相關規範，推動院內作業資訊化及病歷電子化。
5.統一病歷互通格式及代碼標準，並提升衛生署影像交換中心為病歷交換中心，優先落實院際醫學影像及報告、血液檢驗報告及用藥紀錄互通。

      本計畫期程自99年至101年，總經費需60.4億元，99年度所需經費由振興經濟擴大公共建設經費支應辦理。

     本案經提報本(12)日本會第1373次委員會議討論，獲致結論如次：
一、本計畫新增「加速醫療院所實施電子病歷系統」子計畫，可加速推動醫療作業資訊化及院際病歷互通整合，減少民眾就醫時重複檢查，提升醫療資源運用效能、醫療照護品質及病患安全，自99年至101年所需總經費60.4億元，原則同意。
二、本計畫八成經費用於輔導與補助醫療院所發展電子病歷及互通，應加強補助經費之管理，並配合醫院評鑑及計畫查核等機制，使受補助之醫療院所確實配合釋出電子病歷；另應以醫療網分區概念，有系統地複製成功經驗至區域內其他醫療院所，以加速推動時程。
三、本計畫推動過程中，請衛生署持續針對民眾隱私保護、資訊安全及病歷所有權等議題，建立與民眾及相關團體之溝通機制，避免可能引發之倫理、法律及社會爭議。
四、本計畫之執行與民眾生活高度相關，為強化執行績效及加強民眾對政府施政成效之感受，請衛生署增加民眾端之績效指標及提升生產力效益評估，並加強對民眾之宣導。